명탐정 코난. 그의 진짜 정체는 고등학생 명탐정 신이치였다. 수수께끼의 조직이 먹인 독약 때문에 몸이 작아져버린 것이다. 그래서 코난은 정체를 숨기고 무술이 뛰어난 여자친구 란의 집인 모리 탐정 사무실에 살게 된다. 사람들의 의심을 사지 않기 위해 초등학교 친구들과 탐정단을 결성하여 의외로 즐거운 생활을 보내고 있는 코난의 추리가 시작된다.