사람들의 의심을 사지 않기 위해 초등학교 친구들과 탐정단을 결성하여 의외로 즐거운 생활을 보내고 있는 코난의 추리가 시작된다. 콘서트장에서 놀다가 인기가수 TWO-MIX의 일원인 미나미와 우연히 마주친 코난과 친구들. 하지만 코난의 눈앞에서 미나미가 납치되고. 또다시 소년 탐정단의 실력을 발휘할 기회가 왔다. 그런데 그녀의 목소리가 누군가와 닮았다는데 과연…….