미국과 일본 정부는 동남아시아의 바다에서 미국과일본의 이익을 지키기 위해 일본의 첫번째 원자력 잠수함을 개발한다. 그러나 이것은 일본 헌법과 일본 국민의 민감한 반핵 감정을 자극하지 않기 위해 극비에 붙여진다. 이 6만 마력의 잠수함은 미국이 설계하고, 일본의 최신 기술이 협력하여 건조된다. 그것의 운용은 정예로 구성된 일본 승무원들에 의해 이루어지고, 총 지휘는 카리스마적인 함장 가이에다 시로가 맡는다. 모든 것은 원래의 계획대로 진행되어 가는 듯했다. 그러나 미국의 제 7함대와 합동으로 이루어진 최초의 시험 항해에서 함장인 가이에다 시로와 승무원들은 갑자기 반란을 일으킨다. 그리고 미 해군의 집요한 추격을 뿌리친 일본의 원자력 잠수함은 어디론가 사라져 버린다. 그리고 그것은 단지 시작에 불과했다. 가이에다는 단순한 반란자가 아니었다. 그는 세계 최강의 핵잠수함을 지휘하고 있었고, 그리고 또 다른 복안을 품고 있었다.

1989년 연재되자마자 일본 내각의 정치인들 사이에 최고의 화제거리로 떠 올랐으며, 1990년 일본 고단샤 만화상을 수상하고, 일본의 모든 주요 매체에서 특집으로 다루어 졌으며, 1995년에는 정치, 경제, 기술 등 각계의 전문가들이 각자의 분야에서 이 만화를 분석한 논문집까지 발표하였으며, 1996년 초 애니메이션으로 제작되어 종전의 히트를 기록하고, 29권으로 출간된 단행본 전집이 2천 2백만 부나 팔린 블럭버스터 메가 히트 만화. 이제 그 장대한 스케일과 엄청난 음모를 직접 눈으로 확인한다!