간재 이덕홍은 19세에 퇴계 문하에 들어가 12년간 퇴계 이황을 지근거리에서 모시면서 학문지결을 터득하였다. 그의 학문에 대한 독실한 자세는 스승뿐만 아니라 동문들에게도 인정을 받았다. 그래서 퇴계는 그에게 선기옥형璿璣玉衡을 만들게 하였다.
한편 38세(1578년)에 출사하여 선조 임금과 왕세자인 광해군에게 올린 두 편의 상소에는 그의 현실인식에 따른 전란 극복 방안이 고스란히 담겨 있으며, 영춘현감 시절에는 살아남으려고 허덕이는 민초들의 삶에 대한 그의 애민의식의 일단을 확인할 수 있다. 특히 임진왜란 때 건의한 귀갑선의 건조는 군사전술적인 계책 가운데서도 가장 주목되었다. 한마디로 그가 추구한 학문은 성리학에 조예가 깊었을 뿐만 아니라 병략兵略·산학算學·역법曆法에도 정통하였다. 퇴계 이황이 자字와 호號, 그리고 이름을 지어 준 유일한 제자였다.