유럽에서 렌과 피아가 「세계수」 사건에 휘말리던 무렵, 유이치와 디, 세라는 「현인회의」의 단서를 찾기 위해 멜버른 시티 흔적의 지하도시에 잠입한다. 한편, 과거 아버지의 친구였던 사람의 의뢰로 멜버른으로 간 렌의 형제 마히루와 츠키요는 마법사 아이들을 구하기 위해 시티와 싸워온 소녀, 사쿠라와 대면하게 된다. 유이치 일행과 마히루 일행은 서로의 존재를 눈치채지 못하고 각자 행동하지만, 곧 사쿠라를 쫓아온 모스크바 시티 군대에 의해 커다란 사건에 함께 말려들게 되는데….