"아가씨허구 나는 많이 닮았네유. 똑같은 천으루 맹글어진 것처럼. 우리 둘 다 인물이 좋지도 못허구 생긴 것만큼이나 무뚝뚝허구. 둘 다 승질머리도 못돼먹었구. 내가 장담해유."

예쁘고 착한 여주인공이 아니다. 조그많고 야윈 얼굴에 조그많고 야윈 몸, 숱이 적은 머리, 심술궂은 표정에 얼굴색도 노란 '고약하게 생긴 아이'였다. 성질머리는 또 얼마나 못돼먹었는지. 인도에서 콜레라로 부모를 잃고 고아가 돼서 고모가 이미 죽고 없는 고모부 집으로 오게 되었어도 안쓰럽지 않은 아이였다. 못생긴 얼굴 때문이 아니라 버르장머리 없는 것 때문이다. 영국에 와서도 메리의 상황은 바뀌지 않는다. 인도에서 부모님이 살아계실 때도 부모님의 보살핌을 받지 못하고 자랐는데, 영국 고모부댁에 와서도 고모부는 메리를 만나보지도 않고 여행을 떠난다. 황무지 끝에 있는 미셀스와이트 장원은 그대로 쓸쓸하고 황량한 곳이 될 줄 알았다. 외롭고 황량하기만 할 줄 알았던 황무지에는 자연이 살아 숨쉬고 있었다. 온갖 종류의 동물과 식물은 아이들의 친구가 되어주고 있었다. 메리의 시중을 들어주는 마사에게는 열한 형제가 있다. 마사는 자신의 동생들이 황무지에서 어떻게 뛰어노는지 들려준다. 특히 동생 가운데 디콘에 대한 이야기를 메리는 가장 좋아한다. 여우와 조랑말과 까마귀와 다람쥐의 친구인 디콘에 대한 이야기는 신비롭다. 메리는 마사의 동생들처럼 황무지를 달린다. 황무지의 바람은 메리의 누르끼리한 얼굴에 홍조를 띄게 도와주고 황무지를 달린 덕에 배고픔을 느낀 메리는 음식을 맛있게 먹어서 살이 점점 오른다. 가난한 가운데 열두 형제를 키우는 마사의 어머니 수잔은 메리에게 줄넘기를 선물해준다. 메리는 작은 선물에도 감사를 느낀다.

미셀스와이트에는 두 가지 비밀이 있다. 100개도 넘는 방 어느 돗에는 메리가 만나서는 안되는 울부짖는 사람이 있다는 것과 고모가 살아계실 때 가꿨다는 뜰로 아무도 들어갈 수 없게 잠겨 있고 문도 알 수가 없다. 메리는 붉은가슴울새의 도움으로 10년 전 땅에 파묻혔다는 고모의 뜰로 들어가는 열쇠를 발견한다. 그리고 역시 붉은가슴울새의 도움으로 문을 발견한다. 조심스럽게 뜰로 들어간 메리는 파릇파릇 돋아나는 새싹이 숨을 틀 수 있게 새싹 주변을 정리해준다. 메리는 마사에게 부탁해 원예세트를 구입한다. 디콘이 웬예세트를 전해주러 와서 메리와 비밀의 뜰에 들어간다. 메리가 새싹을 위해 한 일이 잘한 일이라고 디콘은 칭찬을 해준다. 디콘은 메리가 발견한 뜰에 대한 비밀을 지켜주며 함께 뜰을 가꾼다. 미셀스와이트로 돌아오던 크레이븐씨는 수잔 소어비를 만나 메리에 대한 이야기를 듣게 된다. 그리고 메리를 만나볼 마음을 갖는다. 고모부, 크레이븐씨를 만난 메리는 대뜸 땅을 달라고 부탁한다. 무엇이든 가꿀 수 있는 땅을 달라는 말에 크레이븐씨는 어린아이가 무슨 해를 끼치겠냐며 원하는 곳을 가지라고 허락하고 다시 여행을 떠난다.

폭우가 내리고 거센 바람이 불던 날 또 사람이 울부짖는 소리를 들은 메리는 소리의 출처를 찾아낸다. 야위고 얼굴은 상아빛인 또래의 남자 아이 사촌 콜린을 만난다. 태어날 때부터 병약한 콜린은 예민하고 날카로운 성격에 미셀스와이트의 모두가 떠받들어서 메리만큼 버릇없고 자기밖에 모르는 아이다. 디콘과 메리, 그리고 콜린은 콜린 어머니의 뜰에 대한 비밀을 공유하게 된다. 어머니의 뜰, 비밀의 뜰에서 세상을 포용하는 디콘과 함께 뜰을 가꾸는 메리와 콜린은 몸도 마음도 건강해진다. 병약해서 제대로 걷지도 못했던 콜린이 걸을 수 있게 되고 디콘의 어머니가 다른 어른 어른 모르게 몰래 찾아와 아이들을 만나고 건강해진 콜린의 모습을 본다. 그리고 콜린의 아버지 크레이븐씨에게 어서 돌아오셔야 한다는 편지를 쓴다. 건강해진 콜린을 본 크레이븐씨는 감격의 눈물을 흘린다.

이 이야기는 단지 환타지에 불과할 수 있다. 하지만, 사람과의 관계를 어떻게 맺어야 하고, 나는 어떤 사람이 되고 싶으며, 어떤 모습이 버릇없고 막되먹은 것인지 생각해보게 한다. 누구나 좋아하는 디콘이라는 아이와 그의 어머니 수잔 소어비 부인같은 사람을 통해 포용역이란 어떤 것인지 생각하게 한다. 삶이 아름다울 수 있는 것은 다른 사람이 아닌 나의 노력에 따른 것이며, 내가 좋은 사람이 되는 법을 알려준다. 누군가를 향해 마음을 닫은 내게 너그러워지라고 말하는 듯하다.