날마다 농장의 동물들을 괴롭히기에 바쁜 말썽꾸러기 닐스는 어느 날 요정을 괴롭히다가 그만 마법에 걸려 난쟁이가 되고 맙니다. 그러다 모험심 많은 흰거위 모르텐과 함께 기러기 떼를 따라 여행을 떠나지요. 닐스는 여행하는 동안 수많은 위험과 고난에 부딪히지만 그 때마다 용기와 지혜로 이겨냅니다. 또한 동물들의 마음을 이해하고 사랑하게 됩니다. 더 이상 닐스는 예전의 말썽꾸러기가 아니었어요. 과연 닐스는 요정의 마법에서 풀려나 집으로 돌아올 수 있을까요?