「마법소녀가 되어 주지 않을래?」
카나메 마도카앞에 나타난 신비한 생물 큐베.
그리고 수수께끼의 전학생 아케미 호무라.
불가사의한 만남이 한꺼번에 이어지는 가운데
마도카는 「마법소녀」가 어떤 존재인지 어렴풋이 알게된다.
그것은 마도카의 운명을 더욱 크게 바꾸어 놓을지도 모르는 사건이었다-.