“야마토 짱에게는…… 더 이상 나는 필요 없는 거구나.”
여름방학- 야마토 일행은 거대 마린 파크로 놀러 왔다. 요즘 왠지 기분이 우울한 소꿉친구인 호나미를, 서툴지만 위로하려는 야마토. 하지만 그런 그 앞에, 다시 마술의 어둠에 속한 인간이 나타난다. 호나미와 친구들까지 말려들 거대한 영재를 일으키려는 적에게, 야마토는 정면으로 승부를 걸어보는데-?!
한편, 같이 놀자는 권유를 거절하고 칸바라 신사를 청소하던 시노노메 시즈마는, 드디어 야마토의 비밀의 핵심을 알게 된다. 그리고 그런 시즈마에게도 새로운 위협이 다가오고 있었다.

엄청난 변동이 예고되는 시리즈 제3탄!!