10살인 소녀, 오기노 치히로는 이사를 가던 중에 엄마, 아빠와 함께 신비한 마을에 가게 된다. 그곳은 바로 수많은 신들이 지친 몸을 쉬러 오는 온천이었다. 그리고 그곳에 있던 주인 없는 음식점에서 맘대로 음식을 먹은 부모님은 돼지로 변하고 만다. '하쿠'에게 도움을 받은 치히로는 이곳 아부라 온천의 경영자인 유바바를 만나 이곳에서 일한다는 계약을 한다. 그리고 이름도 '센'으로 바뀌게 되는 치히로는 이곳의 생활을 시작하는데...