서울대학교 식품공학과를 졸업하고 미국의 노스다코타 주립대학에서 식품공학석사·박사학위를 취득했다. 그 후 위스콘신 주립대학에서 연구원으로 재직하다 1986년 귀국하여 강릉대학교 생명과학대학장과 산업대학원장을 지냈으며, 캐나다 싸스캐치완 주립대학교와 미국의 네브래스카 주립대학교에서 연구교수로 근무한 바 있다. 보건복지부 보건의료기술사업 평가위원, 과학기술부 국가지정연구실사업 평가위원, 식품의약품안전청 유전자재조합식품 안전성평가심사위원을 역임하였고, 현재 국립 강릉원주대학교 식품과학과 교수로 재직 중이다.

'농사짓는 교수'로 이름이 알려진 그는 농가주택에서 텃밭을 일구며 각종 유기농 채소를 기르고 토종닭을 키우면서 우리 몸의 균형을 유지할 수 있는 조화로운 식생활에 관심을 가지게 되었다. MBC, KBS, SBS 등 각종 건강 관련 프로그램에 출연하고 잡지 및 신문 등에 칼럼을 연재한 바 있으며, 한국식품과학회로부터 학술진보상을 수상하기도 했다. 저서로는 『현대인의 건강을 위한 찰보리의 영양과 이용』, 『아빠는 콩글리쉬, 딸은 호스하비』, 『알고 먹으면 보약, 모르고 먹으면 독약』, 『위기의 식탁을 구하는 거친 음식』, 『가난한 밥상』, 『건강하게 오래 사는 조화로운 밥상』, 『먹을거리 걱정없는 기적의 아이 밥상』, 『거친 음식이 사람을 살린다』, 『거친음식 박사 이원종의 막걸리 기행』등이 있다.