1~6권까지의 주된 이야기가 율리시스 무어의 정체를 밝히는 것이었고, 7~10권까지는 시간의 문에 얽힌 비밀을 찾는 모험이었다면 11~12권에서는 감쪽같이 사라진 율리시스 무어의 부인 페넬로페 무어의 행방을 찾는 모험 이야기가 펼쳐집니다. 율리시스 무어는 페넬로페 무어를 찾기 위해 한 번 들어가면 다시 나올 수 없는 잊혀진 신비의 섬으로 향합니다.

그곳은 12년 전 상상의 여행자들이 힘을 합쳐 가장 위험한 해적 스펜서 선장을 가둬 놓은 섬으로 페넬로페 무어를 찾을 수 있는 단서를 얻을 수 있는 유일한 곳이지요. 하지만 율리시스 무어가 섬에 도착했을 때 스펜서 선장은 이미 화산 분화구 밑에 있는 어둠의 미궁으로 탈주한 뒤였습니다. 율리시스 무어는 스펜서 선장이 페넬로페 무어를 납치했다고 확신하고 스펜서의 발자취를 따라 검은 항구로 향합니다. 한편 검은색 쌍돛선 메리그레이호를 타고 킬모어 코브를 포격하던 스펜서 선장은 오래전 자신이 페넬로페 무어를 이미 죽였다고 말하는데....... 페넬로페 무어는 도대체 어디 있는 것일까요?