‘일년전쟁’의 썬더볼트 주역 섬멸전에서 목숨을 부지한 이오 플레밍과 대릴 로렌츠. 두 사람의 숙명은 이듬해, 0080년의 ‘지구’로 이어진다. 신흥교단 ‘남양동맹’이 은밀히 모은 사이코 자쿠 파일럿 후보자를 일망타진하기 위해 수상 도시 리그를 급습하는 연방군! 이오도 아틀라스 건담을 몰고 도망자를 바싹 뒤쫓지만, 바닷속 추격전 끝에 놓치고 만다. 한편 극비 임무로 리그에 잠입한 대릴은 남양동맹의 클로디아를 포로로 잡아 귀환길에 오르고….