연구소에 불려온 레이와 아스카는
연구소 시스템을 보호하기 위해 가상공간에 돌입한다.
그런데 그곳에 의식을 잃은 신지가?!
신지는 마치 누군가에게 조종당하고 있는 것처럼
레이와 아스카를 덮치는데…!!
레이·아스카 VS 신지가 실현(?)되는 「학원에바」제13탄!