미궁은 『정령』 엔달루지아를 먹어 삼키고, 지맥의 주인이 되려 하고 있었다. 『미궁 도시』에 사는 사람들에게 남겨진 시간은 적었다.
『금사자 장군』 레온하르트가 이끄는 미궁 토벌군의 최고 전력과 『정령안』을 되찾은 지크문트, 그리고 『살아남은 연금술사』 마리엘라는 사랑하는 마을과 사람들을 지키기 위해――『미궁의 주인』과 대치한다!!
200년의 시간을 넘어 자아지는 연금술 판타지 감동의 클라이맥스!!