서남표 총장이 카이스트에 취임한 후 제일 먼저 한 일은 카이스트 학과장들에게 16개의 질문을 보내 답변을 요청한 것이었다. 16개의 질문에 대한 답을 받아보니 누군가는 문제를 지적했고 다른 누군가는 방법을 지적했다. 그 답변들을 책자로 만들어 각 과에 다시 회람했다. 다른 학과장들에게 생각을 읽어본 후 본인과 다른 의견들을 공유하는 과정을 반복했다. 이 과정을 통해 학교의 목적을 정하고 목적을 이행할 방법을 찾아냈다. 목적을 정하고 목적 달성에 가장 적합한 방법을 모색하는 일을 실험한 것이다. 그러한 과정을 거치다보니 과거에 쓰던 방법이 새로운 목적에 맞지 않는다는 것을 깨닫게 되었고 새로운 방법을 채택하게 되었다. 이것이 카이스트 혁신의 시작이었다.

‘KAIST Institute’라는 대규모 연구소를 세우고 OLEV(온라인전기차, On-Line Electric Vehicle) 와 모바일 하버(Mobile Harbor)라는 획기적인 발명을 해낸 것이다. OLEV와 모바일 하버는 구상부터 디자인, 그리고 서울대공원에 설치하기까지 2년밖에 안 걸렸다. 온라인전기차의 원리는 간단했다. 밑에서 전기를 공급받아 움직이는 것이다. 버스 위에는 조그만 배터리가 있어서 밑에 전선이 없는데도 가는 것이다. 제프리 이멜트 회장이 서남표 총장을 찾은 것도 온라인전기차 개발에 대한 지식과 정보를 얻기 위해서였다.

모바일 하버는‘왜 배가 꼭 항구에 들어와야 하느냐’라는 생각에서 출발한 것이다. 서남표 총장은 싱가포르에 갔을 때 100여 척의 배가 항구에 못 들어오는 것을 보고 항구가 배로 가면 되지 않겠느냐는 생각을 했다. 그렇게 해서 생겨난 것이 모바일 하버다.
카이스트의 혁신은 지금도 계속되고 있다.