DEM과의 최종결전. 시원(始原)의 정령─ 타카미야 미오와 싸운 후로 1년. 그리고 야토가미 토카가 사라진 후로 1년. 원래 정령이었던 소녀들은 과거와 마주하며 미래로 나아가기 시작했다. 이츠카 시도 또한 상실감을 느끼면서도 정령이 소멸된 세계에서 평소와 다름없는 일상이 시작될 거라 생각했다. 존재할 리 없는 정령 소녀와 마주칠 때까지는─.

“너, 넌…….”
“……이름……. ……그런 건, 잊었다─.”

세계를 부정하듯 세계를 파괴하는 정령이 나타난 상황에서, 코토리는 시도에게 말한다.

“네 출격을 허락할 수는 없어.”

자─ 우리의 마지막 전쟁을 시작하자.