잘 왔다, 에미야 시로….
자, 참회의 시간이다─!!

길가메시와의 격돌에서 간신히 몸을 숨긴 세이버와 시로.
두 사람은 처음으로 하룻밤을 보낸다….
날이 밝고 코토미네 교회로 간 시로는,
그곳에서 믿어지지 않는 광경을 목격한다.
그리고 지금, 10년 전의 진실이 밝혀진다─!