‘일년전쟁’의 썬더볼트 주역 격전으로부터 1년…. 사이코 자쿠를 손에 넣은 신흥교단 남양동맹을 제압할 ‘썬더볼트 작전’의 수행원으로 신형 아틀라스 건담에 올라탄 이오 플레밍. 그리고 유아로 퇴행한 칼라 교수를 원래대로 돌려놓고 사이코 자쿠를 다시 타기 위해 지온 공국을 배신하며 남양동맹에 뛰어든 대릴. ‘탈화산기지’에서 벌어진 두 사람의 전투는 주위의 운명까지 끌어들이며 한층 격렬하게 불타오른다!