다윈의 『종의 기원』은 생물학에 일대 혁신을 일으켰을 뿐만 아니라 종교, 철학, 역사학, 물리학 분야에까지 막대한 영향을 준 고전적인 대저작이다. 영국의 생물학자 줄리안 헉슬리는 『종의 기원』이 가진 가치를 다음과 같이 두 가지 면에서 요약하였다.

하나는 지금 세상에 살고 있는 모든 동식물이 처음부터 개별적으로 창조된 것이 아니라 장구한 시일에 걸쳐 서서히 초기의 형태에서 변형해 왔다는 것을 밝힌 점이고, 또 하나는 자연도태 이론에 의해 이와 같은 변형이 자동적으로 생성되었으리라는 기계론을 제시한 것이라고 했다.

다윈의 진화론은 그 후에 많은 수정이 가해졌으며 이 학설에 대한 이론이 없지 않지만, 과학 분야에서 목적론을 도태시키고 사유에 의한 인류의 지적 유산을 남긴 공적은 아주 크다.