『Why? 게임 과학』에는 온라인 컴퓨터 게임을 사랑하는 소녀 엄지와 텃밭 가꾸는 것을 좋아하는 소년 꼼지가 등장한다. 게임을 탐탁잖게 여기는 꼼지에게 엄지는 게임의 매력에 대해 알려 준다. 최초의 게임 스페이스 워부터 최신 VR 게임까지 게임의 역사에 대해서 훑어보고, 게임이 만들어지는 과정, 원리에 대해 알고 나만의 게임까지 직접 만들며 게임에 점점 흥미를 갖게 되는 꼼지! 과연 꼼지의 마음은 어떻게 바뀌었을까?