폭탄 처리반의 전설적인 형사 마츠다가 순직한 폭탄 사건으로부터 3년이 지난 후, 같은 11월 7일에 시라토리 경위의 차가 폭발! 그와 동시에 폭탄을 설치한 장소를 가리키는 암호문이 도착한다. 암호를 푼 코난과 다카기는 도쿄 타워의 엘리베이터 안에 갇히고 만다. 그리고 그곳에는 폭탄이! 코난 대 위기!!