제3판은 제2판과 비교하여 다음과 같은 점을 개선하였다. 첫째, 제2판에 수록되었던 사진의 약 40%를 양질의 새로운 사진으로 교체하였다. 또한 전체 사진 수도 제2판에 비해 약 60% 정도 늘렸다. 둘째, ‘영상강화 대장내시경’을 독립된 챕터로 신설하여 영상강화 내시경의 기법과 활용방법을 체계적으로 설명하고자 노력하였다.

셋째, 치료 대장내시경이 보편화되고 새로운 술기가 개발되면서 과거보다 치료 대장내시경의 중요성이 커졌으므로 치료 대장내시경의 내용을 대폭 강화하였다. 넷째, 독자들의 편의를 위해 필요하다고 생각되는 경우 내시경으로 진단된 질환들의 치료 방침에 대해서도 간략히 언급하였다. 다섯째, 한글 용어에 익숙하지 않아 ‘찾아보기’를 활용하는데 어려움이 있는 독자들이 참고할 수 있도록 ‘영어-한글 용어 대조표’를 만들었다.